programmes linux de chimie

dessins de molécules

trixie : apt-get install bkchem chemtool easychem xfig
bullseye : apt-get install  chemtool easychem xfig bist
buster : apt-get install bkchem chemtool easychem xfig bist

• blender avec import de fichier pdb

• bkchem :

• chemtool

• easychem

• xfig tracé de polygones/courbes

• bist - chemical drawing tool

visualisation de molécules

http://www.rcsb.org/
trixie : apt-get install rasmol jmol povray  pymol autodock-vina
apt-get install rasmol jmol povray gdis ballview pymol

• rasmol-gtk : ouverture de fichiers pdb

• gdis

• jmol - Molecular Viewer : export possible vers html avec rotation 3D

• ballview - modélisation moléculaire (libre) et outil graphique moléculaire

• pymol

• autodock-vina - chargement de petites molécules jusqu’aux protéines : pas réussi à utiliser

• gcrystal - visualiseur léger de structures cristallines : dommage , plante

tableau périodique des éléments

trixie : apt-get install gperiodic  kalzium

• gperiodic ( masse,densité,point de fusion, d’ébullition, rayon atomique, rayon de covalence, rayon ionique, volume atomique, chaleur spécifique, chaleur de fusion, chaleur de vaporisation, conductivité thermique, température de Debye, électronégativité de Pauling, énergie de première ionisation, états d’oxydation, configuration électronique, structure cristalline, apparence )

  

• kalzium - periodic table and chemistry tools

programmes de calcul

• openbabel - Chemical toolbox utilities (cli) // python-openbabel - Chemical toolbox library (python bindings)

contient de nombreux programmes ,
par exemple /usr/bin/obenergy /tmp/methane-1.pdb

E N E R G Y

     TOTAL BOND STRETCHING ENERGY =    2.024 kJ/mol
     TOTAL ANGLE BENDING ENERGY =    0.000 kJ/mol
     TOTAL TORSIONAL ENERGY =    0.000 kJ/mol
     TOTAL VAN DER WAALS ENERGY =    0.000 kJ/mol

TOTAL ENERGY =  2.02460 kJ/mol

Pas essayés :

• nwchem - High-performance computational chemistry software

• cclib - Parsers and algorithms for computational chemistry
• python-cclib - Parsers and algorithms for computational chemistry (Python module)
• education-chemistry - Debian Edu chemistry related applications
• science-chemistry - Debian Science Chemistry packages
• debichem-polymer - DebiChem Analytical BioChemistry
• ergo - Quantum chemistry program for large-scale calculations
• indigo-utils - Organic Chemistry Toolkit Utilities
• python-indigo - Organic Chemistry Toolkit (Python module)

• massxpert-data - linear polymer mass spectrometry software - arch-indep data
• mopac7-bin - Semi-empirical Quantum Chemistry Library (binaries)
• mpqc - Massively Parallel Quantum Chemistry Program

• psi4 - Quantum Chemical Program Suite
• psi4-data - Quantum Chemical Program Suite (data files)
• psi3 - Quantum Chemical Program Suite
• python-rdkit - Collection of cheminformatics and machine-learning software
• wims - server for educational content : courses, exercises, and exams
• adun.app - simulateur moléculaire pour GNUstep

• lammps - Molecular Dynamics Simulator

et aussi : ghemical libavogadro-dev kalzium mopac7-bin nwchem psi3 avogadro chemps2 cp2k ergo jmol mpqc openmolcas quantum-espresso